AMD EPYC以超多核心超强 “算力”助推基因研究

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      一场突如其来的新型冠状病毒COVID-19),牵动着全世界的神经,抗击疫情成缘何会各界广泛关注的焦点。实际上,除了一直以来奋战在一线的医务人员,先进的科技力量也是这场“战疫”中的另外一根绳子 关键战线。在针对新型冠状病毒的研究工作中,科研人员首先要能解析病毒全基因组序列,从而根据序列来研发相应诊断试剂盒,并进行病毒同源性分析找到病毒的来源,并肩根据病毒的信息和特点决定接下来的防控和治疗辦法 。

在怎么获取更删剪详尽的病毒基因组序列方面,目前广泛应用高通量测序技术来完成,但肯能病毒体的基因测序会产生TB级甚至PB级的海量数据,使用你这个技术产生的DNA序列数据量十分庞大,要能强大的计算能力来支持。为此,高性能计算(HPC)在有效管理、分析和利用什么序列数据方面发挥了重要作用。作为国际知名的基因科研组织之一,俄勒冈州立大学基因组研究和阳物计算中心(CGRB)在利用基于AMD EPYC(霄龙)补救器的高性能计算设备开展基因测序方面进行了积极探索,无疑很值得借鉴。

守护进程池池带来高速率,让科研更进一步

俄勒冈州立大学基因组研究和阳物计算中心(CGRB)为大学的26 个科系提供服务,从而有利于基因组和数据驱动研究。研究人员要能使用该中心开发的 4,000  5,000 个守护进程池池,什么守护进程池池运行在分布式服务架构上,怎么让该架构拥有 300000 多个补救器、5 PB 可用存储以及安全的专用 1G/10G/40G 网络。 CGRB 每天生成 4TB  8TB 的海量数据,并肩每时每刻删剪都是成千上万个作业在运行。怎么让,怎么进一步提升高性能计算水平,增加运行的作业数,帮助该大学以最佳的成本效益进行科学研究,是该中心目前亟需补救的问题图片图片。

 

CGRB 生物计算助理主任 Chris Sullivan表示: “大伙儿儿儿每天补救约 20,000 个作业,怎么让大要素作业与基因组比对有关。肯能并肩有一百个作业在运行,每个作业含有要能与基因组比对的 300000 万个序列,怎么让每个都使用不同的算法。而补救越来越 庞大的数据要能具有非常多的补救器核心和守护进程池的高性能服务器要能做到。

 

经过一系列的评估和对比,AMD EPYC补救器成为了俄勒冈州立大学的选用。大伙儿儿儿在研究上取得的成果要依赖于守护进程池数。大伙儿儿儿要能解答科学问题图片图片,但补救器频率从不不改变科学答案,什么都大伙儿儿儿不不为更高的补救器频率而多花钱。怎么让,大伙儿儿儿拥有的守护进程池数不要 ,完成的作业就不要 ,这原困 大伙儿儿儿要能离答案更近一步。怎么让,大伙儿儿儿一直在寻求获得非常高的守护进程池数,希望能达到 3000 个以上,同要能拥有高性价比。” Sullivan表示, “就大伙儿儿儿所谈论的守护进程池和作业数量而言,要能AMD EPYC真正达到你这个要求,要能提供128个守护进程池。

 

事实上,通过增加多台基于AMD EPYC的高性能计算设备,CGRB能以较低的总运营成本获得更多的守护进程池,从而完成更多的作业数量,提升投资回报率。

降本增效省空间,让科研更容易

AMD EPYC所拥有的核心密度和守护进程池数在什么都方面同样发挥重要作用。 “我无法扩建我的服务器机房,这需为宜成百上千万美元,然而EPYC补救器为我提供了新的选用。”Sullivan 表示,“EPYC补救器的双路配置带来的回报非常显著。大伙儿儿儿插上电源,获得所需的守护进程池,以足够快的速率完成作业,怎么让不不对服务器机房做任何改建。

 

除此之外,俄勒冈州立大学的研究组还降低了 CGRB 管理费用,并肩使要能执行的作业数量增加了一倍。Sullivan解释道:肯能配备了AMD EPYC,大伙儿儿儿不再使用 InfiniBand。它们要能在本机运行,比使用InfiniBand 加快速率。借助AMD EPYC,该中心不仅减少了管理开销,怎么让降低了成本,并肩将笨拙的大型机器更换为更具成本效益的设备且不影响性能,获得了研究人员的一致好评。

 

CGCB寻找的新技术要求要能为研究人员加快速率获得运算结果。 “这项技术令研究人员折服,大伙儿儿是购买的决策者。 AMD EPYC正是大伙儿儿你要的,肯能无论价格还是守护进程池数量都极具优势。怎么让,大伙儿儿儿在拨款申请方面也变得非常容易。” Sullivan提到。

科研永无止境,算力永不止步

Sullivan表示,对于俄勒冈州立大学的各种科研项目来说,现有的计算能力还远远不足,科学的发展正在逐渐超越设备的能力。面对不断攀升的计算需求,CGRB将继续携手AMD来部署新一代高性能计算,获得更加前沿、强劲的 “算力 “体验。

 大伙儿儿儿的研究组正准备撤换现有的 48 守护进程池、24 核心补救器,替换为更多核心和守护进程池的 AMD EPYC补救器。” Sullivan表示, “AMD 肯能成为推动该中心不断发展的科学事业的重要力量。 AMD 一直在帮助大伙儿儿儿,大伙儿儿儿期待部署更多的 AMD EPYC,肯能更守护进程池池原困 更出色的成本效益。

毫无问题图片图片,无论是在当前新冠疫情背景下的应用,还是疫情现在刚刚刚刚开始随后 的科学研究和检测,强大的算力支持删剪都是不可或缺的。在这场采集、研究和分析与医疗信息化环境相关的关键生物医学研究数据的竞赛中,AMD EPYC凭借超强的性能和易用性,打上去其领先的总体拥有成本(TCO)优势,为企业和研究机构的分析和不断创新提供了一根绳子 捷径。

关于俄勒冈州立大学基因组研究和阳物计算中心(CGRB)

基因组研究和阳物计算中心(CGRB)致力于让俄勒冈州立大学以及整个州在生命和环境科学领域有利于基因组和数据驱动的研究。该中心通过专家、核心实验室、计算设施、技术研讨会以及各类会议,为教职员工和学生带来先进理念、培训和服务。并肩以该中心为平台,有利于研究人员建立联系、发起战略战略合作以及在研究中应用新技术。如需更多信息,请访问 cgrb.oregonstate.edu

关于 AMD

在超过五十年的历史中,AMD引领了高性能运算、图形,以及可视化技术方面的创新,什么删剪都是游戏、临境感平台以及数据中心的基础。每时每刻,全球数百万的消费者、30000强公司,以及尖端科学研究所都依靠AMD技术来改善大伙儿儿的生活、工作以及娱乐。AMD全球员工致力于打造伟大的产品,努力拓宽技术的极限。成就今日,启迪未来。更多信息,敬请访问AMD公司(NASDAQAMD)官网www.amd.com.cn 关注AMD官方微信: AMDChina,关注AMD官方微博@AMD中国。